…見る。まずは、２光子顕微鏡用のパルスレーザー。できれば2台ほしい。リストプライスでは、2千万はするものだから、慎重に選ばなきゃね。それに、思いっきり値切らないと、2台は買えない。とりあえず、コヒーレントとスペクトラフィジクスの２社にメールをうっておく。波長を替えられなくてもよいから、安いやつがいいなあ。ということで、通常のTi:Saクリスタルを励起する方式意外にも、最近出ているイットリウムを使ったフェムト秒パルスレーザーもチェック。こちらは値段が圧倒的に安いが、今のところ私の…

…いるわけではないが、顕微鏡やさんとしては、いわゆる"experiment driven"なほうがしっくりくる、とは思う。この話は、おもしろうだから、もうちょっと考えてまた書いてみよう。あと、ハーバードのテニュア*1の話もきいた。カレルと仲のよい生物屋さんが、良い仕事をしてるにもかかわらず、テニュア審査で苦労している。ハーバードのテニュア審査がものすごく厳しいのは良く知られているが、本当にその分野で世界一番でないと、取れないらしい。まあそれだけの業績をあげていれば、他の研究機関…

…早く帰ればいいだけだ。一日12時間以上働くのはやめることにしよう。どうも夜早い時間は眠れないのだが、夜8:00をすぎたらコーヒーを飲まないようにして、寝る前にお酒でも飲めば、早く寝ても寝れるかな？今日は今年最初の顕微鏡のデータがとれた。しかし、またシステムの問題を発見し、トラブルシューティングに時間をとられる。同時並行してやっていたクローニングで大失敗！昨日antibioticを間違えてしまった事に今頃気がつく。なんでclontechはkanamycinつかっているんだろう？

さて、仕事はじめ。顕微鏡の実験を始めるが、あまりうまくいかず。しかたが ないので、クローニングなどをする。まだ、エンジンがかかからない感じかな。 また、オフィスの机を整理し、いらないものを捨てる。日本の「明けまして...」 と同様、同僚との新年の挨拶は、"a happy new year"。 以前申し込んでいた、 HHMI/BWF のLab management courseで、アクセプトの返事がきた。あとは、コ ンファーメーションのメールをおくるだけなのだが、ちょっとだけ行…

…が３つあって、二光子顕微鏡が１つのテーブルに２つある。二光子顕微鏡のレーザーは値段が高いので、１つのビームを２つにわけて、２つの顕微鏡にいくわけだ。１つのテーブルの顕微鏡を二人で同時に使ってるときは、相手に振動がいかないように、注意して実験することになる。全部の顕微鏡が1部屋にあるから、電気はいつも消えていて、かさのついた小さいライトで作業するわけだ。試料は明るいところで作って、そこから1回1回顕微鏡のところにもってくる。ということで、この暗闇のなかを最大6人が歩きまわること…

Slashdot.orgの記事。光学マウスのチップを使って、安いモーションセンサーにする、というもの。解像度は60umで、そんなによくはないけど、例えば100倍対物ｘ10倍カップリングレンズの顕微鏡につければ、60nmまでいけるわけで、細胞の動きのトラッキングくらいには使えるかも。安さに関しては、圧倒的なので、いろいろ考えてみると面白いかも。

…は、2-photon顕微鏡を使っているラ ボがものすごく増えたこと。レーザーを買えるお金があるラボはみんな買って るんじゃない?WebbやDenkが生物に持ち込んでから10年以上たっているが、生 物顕微鏡として市民権を得たようだ。レーザーが安くなり、コマーシャルな 2-photonも増えて来たのが1つの理由だろう。 In vivo spine imagingも多くのラボが参入してきた。Karelラボの論文 (Trachtenberg et al)がでてから1年くらいしかたって…

今日は、Typicalな1日だった。つまり、朝は子供を学校に送った後、コーヒー をのみ、研究室へ。そして、くらーい顕微鏡室にこもり、実験。ひたすら実験 したあと、夜は解析。実験の合間にネットサーフィン論文読み。 比較的単調な毎日が繰り返されるので、日付の感覚があまりないし、月日がた つのも早い。まあ、ほとんどのポスドクはこんな感じで毎日を送ってるんだろ う。

…、うまく動かない。バグをとってくれたつもりらしいが、前より悪くなるくらいなら、いじらないでほしいものだ。普通の２光子顕微鏡の部分は彼と学生が書いていて（いわゆるScanimageとして、http://svobodalab.cshl.orgから段ロードできる）、蛍光寿命測定の部分は私が書いている。この測定では使うデバイスなどがかなり増えるのだが、彼らのソフト（Scanimage)ではそれが想定外なようでトラブルが多い。やっとバグを直して（もとにもどった？）、気を取り直して測定。

…nでとられた、小脳全体の絵は、本当に迫力がある。自動制御で、毎日のようにそのような画像がとられているんだそうだ。必要なコンピュータのパワーは莫大で、クラスタなどのシステムを使っているようだった。部屋１個を占有するような電子顕微鏡もいくつもあって、あらためて Ellismanの資金集めの力も見せつけられた。Ellisemanとちょっと話すこともできたのもよかったが、Dukeに関するやや残念な情報も。。。本当なのかな？その後、H氏のお宅で夕食をいただき、大変楽しい時間をすごした。

…の設計の続きをやる。顕微鏡室はOKだが、Wet labのほうも、 改装してもらうことにした。ただでやってくれるのだから、なるべく使いやす くしたほうがいいわけだ。 Dukeの部屋(合計1000ft^2=100m^2)はあまり広くはないのだが、shared space が多いので、結果的には狭くない。Molecular関係、Culture関係、Deep freezerなど、自分の部屋においたら場所を食うものを置く必要がないのが、 なかなかよい。 Dukeの部屋の設計をやってると…

私がかいた改装計画のスケッチには、顕微鏡室にシンクがなかったので、シンクは本当にいらないのか、とDUkeの人にいわれた。いろんな人にどう思うかきいたが、いるわきゃないだろ、という意見が二人、絶対いる、というのが二人。うーむ、どうすっかな。意見がある人、コメントください。

私が使ってる顕微鏡は、私が組み立てたので、かわいい我が子のようなものだ。この顕微鏡は、3人でシェアして使っているのだが、どうも私がいないときは、機嫌をそこねるらしい。昨日の夜は、ハイニンが使っていたのだが、まだ引越ししたてたので、トラブルがないかどうか横で見ていた。私が見ている間は何の問題もなく動いていたので、先に帰ったのだが、その後数ミリメートルもフォーカスが動く、というトラブルにみまわれたらしい。そんな目にはあったことがないぞ、と思ったが、ハイニンは数回は見ているようだ。…

…の部屋の壁をこわして1つの部屋にし、顕微鏡室にする予定。壁は黒くぬる。 棚と机をいくつか置いてもらう。光学台は、大きいやつを1つ。2-3つの顕微鏡 セットアップをその上につくる。VaccuumやAirのパイプはひいてもらうが、 CO2/O2はKarel のアドバイスで、各セットアップで1 つタンクをもってきて使うことにした(高いので、リークがあると損失が大き い)。 Chairからすぐに返事がきて、おそらく、この案で通りそう。細かいところは これから詰めることになるであろう。

顕微鏡の引越しと改造はほぼ終了。少し実験もした。しかしノイズがのこる。 グラウンドの問題だと思うのだが、なかなか解決できず。ドライバのFuseを飛 ばすこと3かい。このFuseは半田でつけなければならないので、面倒だ。 まあ自分のラボを持ったときに、また顕微鏡を作るわけで、その練習としてな かなかよかったな。今回の顕微鏡の引越しは。

顕微鏡引越し終了。実験を始める。しかし、今までと機械の配置が違うので実 験しにくい。とくに電気生理は、右左がちがうと、なかなかうまくいかない。 頭の神経回路が組み変わるのに、数日かかるな。とりあえず、1つまあまあの dataがとれたので、よしとしよう。 まあ、人間、結構何にでも慣れられるものだ。逆さ眼鏡でも慣れられるらしい からな。だけど、アメリカの飯には結局慣れなったなあ。今は弁当をもっていっ てるので、3食とも日本食だ。今日、takashiさんたちが話していたが、東大の …

…めに、１階から２階に顕微鏡の引越しをした。朝から新リグのテーブルの光学系を組み、昼すぎに旧リグの顕微鏡をばらばらにし、夕方から夜にかけてに組みなおしイメージングができるところまでできた。けど、細かい調整も残っているし、イメージングは明日に。ちなみに、スボボダ研の二光子顕微鏡は基本的に手作り。最近は、顕微鏡本体や、アンプリファイアなど、市販品の部品が増えてきたが、それ以外の光学系、電気回路はまだ手作りだ。そのため、かなり安あがりで、１つのレーザー、２つのRiｇが、だいたい300…

…いた。レーザー暗視野顕微鏡や、一分子FRET光学系を組んだときも、自分で適当にレンズを乱立させて、遊び感覚で作っていた覚えがある。ボスは、大きなテーマを掲げるのが役目、という感じであろうか。こういうやりかたになれていたので、Karelのところに来て、やりかたの違いに少し驚いた。勝手に実験をやっていたら、まず毎日discussionすることを約束させられた。また、例えば解析ソフトを作るときも、無駄を排除したいので、使うソフトはもちろん、コードの書き方も特定するし、ソフトを作った…

…モでは、みんなが狭い顕微鏡部屋に集まってくるところで説明するから、あんまりにんにくくさいとやっぱりいまいちかもしれぬ。ということで、完全に餃子モードになっていたので残念ではあるが、しかたなく、うなぎを解凍することにした。 Image courseでのdemonstrationはうまくいった。Rasというタンパク質の活性を画像化するデモだ。Growth factorでHela細胞のRasの活性が上がるところを見せた。普段は100%成功するとはいえ、結構緊張した。4人ずつのグルー…

…ー光の角度が変わってしまったので、レーザー顕微鏡の調整をやり直さなければならなかった。なんとか終了して実験。長時間、数分おきに細胞を撮影するという、ひまな実験だったので、実験しながら、いくつか気になってた論文を読む(下)。顕微鏡のところにあるコンピューターは日本語が使えないのが、論文の内容をメモするのにちょうどよい。のんびり実験をしてたら、takashiさんがやってきた。生きたねずみの頭の細胞に色素を注入する事を試していたが、最初の結果が出たらしく、興奮していた。よかったね。

昔も少し書いたが、Dukeからは、基本的に2つ部屋をもらっている。そのうちの1つの部屋は小さい部屋が4つ集まって出来ていて、使いにくい。ChairのJimと話した結果、やはりこの部屋の壁はすべて取り除いて、1つの大きな部屋にすることにした。これで2光子顕微鏡の部屋に出来そうだ。Tissue culture roomについては、shared facilityを私の部屋のすぐ近くに作る予定らしいので、自分でもつ必要はないそうだ。これはラッキー。

…今日は2-phoon顕微鏡のレーザー(Ti:Saphire)が調子悪く、実験を始めたのは、夜になってから。しかし実験はうまくいき、データがとれた。だいたい条件だしは終りつつあるかな。 テクニシャンのBarryがレーザーの調子を見てる間に、少しlaserのmode-lockingの原理などを勉強する。実は良く知らなかったので。物理をやってたものとしては、これくらいは知っておいた方がいいかな、ということだ。まあそのうち、このことについても書くかも知れない。比較的良く書かれてるのは…

…立ち話。オリンパスはCSHLでやるImaging courseのために顕微鏡などを貸し出している。Eijiさんはこののsettingをやるために来ているのだ。オリンパスにとって、コースで機械を貸し出すのは、宣伝活動の一環のようで、すべてボランティアなのだそうだ。CSHLの多くのラボがオリンパスのシステムを使ってるのだから成功してるのだろう。最近の売れ筋は共焦点顕微鏡だそうだ。 話してるうちに、Eijiさんも、ボストンにいる奥さんと別居してる事が判明。みなさん、大変なんだなあ。

…の部屋。窓もあるので顕微鏡部屋には向かないであろうから、このまま生化学につかうのがよかろうと思われる。もう１つの部屋は、４つのちいさな部屋からなっていてる。窓はない。Chairからは顕微鏡にいいでしょ、といわれた。しかし二光子顕微鏡は、結構なスペースをとるので、この小さい部屋は使いにくい。壁を全部ぶちこわして、１つの部屋にできるかな、などと考えている。あとは、顕微鏡部屋の壁には配管を設けて、CO2、Air、N2などを通したいが、これはまあそれほどessentialではないかも…

…関するコメント 光学顕微鏡で、蛍光ラベルしたNeuronのSpineの大きさのもとめかたは、大きく分けて2つある。1. 輝度を用いる方法。Svoboda研で、昔から使われてる方法。もっともよく記述されてるのは、最近のEstehrのpaper(Nimchinsky et al. J.Neurosci.2004)であろうか。Spineがpsfより小さいとき、spineからの蛍光、Ispineは、excitation volumeの中で、スパインの占有する体積分の蛍光となる。PSF…